簡介：　　外宇宙(zhou)から現れた謎の光が地(di)(di)(di)(di)球(qiu)(qiu)(qiu)に向(xiang)けて進んでいく。その光球(qiu)(qiu)(qiu)飛(fei)行(xing)物(wu)體(ti)(ti)が通り過ぎていった各(ge)惑星(xing)の前線基地(di)(di)(di)(di)からの通信が次(ci)々と途絶し、さらに光球(qiu)(qiu)(qiu)飛(fei)行(xing)物(wu)體(ti)(ti)は急速に地(di)(di)(di)(di)球(qiu)(qiu)(qiu)に接近、地(di)(di)(di)(di)球(qiu)(qiu)(qiu)側(ce)も迎撃(ji)ミサイルで応戦するも効果はなく、地(di)(di)(di)(di)球(qiu)(qiu)(qiu)上に悠然(ran)と降(jiang)り立(li)ったそれは、超(chao)大(da)型(xing)(xing)ミサイルであった。そして後から地(di)(di)(di)(di)球(qiu)(qiu)(qiu)に押し寄せて來(lai)た大(da)艦(jian)隊(dui)の奇襲攻(gong)撃(ji)に地(di)(di)(di)(di)球(qiu)(qiu)(qiu)艦(jian)隊(dui)は為すべも無(wu)く壊滅(mie)し、地(di)(di)(di)(di)球(qiu)(qiu)(qiu)は瞬く間に制圧(ya)される。　　暗黒星(xing)団帝國はヤマトの在処を示せと要求、超(chao)大(da)型(xing)(xing)ミサイルは重核(he)子(zi)爆弾で、地(di)(di)(di)(di)球(qiu)(qiu)(qiu)の中間子(zi)質量を破(po)壊し、人(ren)類の脳細(xi)胞を一(yi)挙に死滅(mie)させることが出來(lai)ると脅(xie)してくる。　　古代(dai)達(da)ヤマトの乗組(zu)員達(da)は、英雄の丘に集結、森雪のもたらした地(di)(di)(di)(di)球(qiu)(qiu)(qiu)防衛軍(jun)長(chang)官(guan)からの極秘命令を受け小(xiao)惑星(xing)イカルスへと向(xiang)かう。しかし森雪は途中で負傷し、一(yi)人(ren)だけ地(di)(di)(di)(di)球(qiu)(qiu)(qiu)に取り殘されることになる。地(di)(di)(di)(di)球(qiu)(qiu)(qiu)から決死の脫出を果たした一(yi)行(xing)がイカロスに著くと、そこにはヤマトが隠されていた。　　ヤマトの乗組(zu)員たちは、重核(he)子(zi)爆弾の起爆コントロールが敵母星(xing)であることを突き止(zhi)め、爆発を阻止(zhi)するために40萬(wan)光年(nian)の航(hang)海(hai)に旅立(li)つ。